Fue en el verano del año 2.000 cuando empezó a gestarse la idea de fundar una nueva cofradía por un grupo de buenos cofrades algecireños, en principio fueron quince personas las que emprendieron esta ardua y difícil aventura, pero poco a poco esta idea fue fraguándose hasta que se dio el primer paso para llevar a buen término tal fin, o sea la creación en el mes de enero del 2001, de la Asociación Parroquial de la Sagrada Mortaja, dependiente de la Parroquia de San Miguel donde fue acogida gracias a su Párroco y a su vez Director Espiritual D. Rafael de la Palma Moreno Ruiz.

Como tal Asociación participó en los actos y cultos de su Parroquia, donde se fundó la bolsa de Caridad y se realizaron visitas al Asilo de Ancianos de San José, y al centro Penitenciario Botafuegos. La Asociación fue acogida en el seno del Consejo Local de Hermandades y Cofradías, y desde principio se contó con el apoyo de las Hermandades de Algeciras y de todo el mundo cofrade, haciendo mención especial a la ayuda prestada desde sus inicios por el entonces Delegado Diocesano de HH y CC de Cádiz D. Sebastián Llanes Blanco. Fue en la procesión del Santo Entierro del año 2001 cuando por primera tres hermanos se revisten con el hábito nazareno, haciendo un ejemplar desfile, este hecho se volvió a repetir al año siguiente con motivo de la procesión Magna.

Fue el 26 de septiembre de 2003 la fecha en la que el Obispo de Cádiz Ceuta D, Antonio Ceballos Atienza firma el Decreto por el que se constituye como Hermandad de Penitencia. Siendo erigida canónicamente como Hermandad el 5 de noviembre de 2003 y con posterioridad tuvo lugar la bendición de nuestros Titulares en Solemne Eucaristía el 15 de febrero de 2004, en la Parroquia Mayor de la Palma con la asistencia de todo el mundo cofrade algecireño y primeras autoridades civiles siendo presidida por D. Sebastián Llanes Blanco asistiendo el cuerpo de acólitos de la Hermandad del Cristo de Burgos de Sevilla, siendo los padrinos del acto el Presidente de Cáritas Diocesana y el Hermano Mayor de la Hermandad de la Sagrada Mortaja de Sevilla asistieron al acto muchos representantes de las hermandades sevillanas nombradas anteriormente

Posteriormente se trasladaron Nuestros Titulares a su actual sede la Capilla del antiguo Asilo de San José siendo acogidos por el Titular de dicha Capilla D. Sebastián González Araujo, donde desde entonces reciben culto.

El dieciocho de febrero de 2005 nuestras imágenes presidieron el Via Crucis, que anualmente celebra el Consejo Local de HH y CC portando nuestros Titulares en andas en sobrio y solemne cortejo procesional hasta la Parroquia de Santa María de la Palma. Siendo éste por tanto el primer culto externo de nuestra Hermandad